监理工程师证书主要分为 三种，分别是：
土木建筑工程监理工程师证书，负责部门为住房和城乡建设部。
交通运输工程监理工程师证书，负责部门为交通运输部。
水利工程监理工程师证书，负责部门为水利部。
此外，监理工程师证书还可以根据工程领域细分为多个专业类别，例如建筑工程、市政公用工程、机电工程、矿山工程、水利水电工程等，每个专业类别又分为初级、中级、高级三个等级。同时，存在注册监理师和注册监理工程师两种证书，其中注册监理师是指具备高级工程师以上职称、从事监理工作满5年以上、取得监理工程师资格证书的人员；注册监理工程师是指具有高级工程师以上职称、从事监理工作满3年以上、取得监理工程师资格证书的人员。
综上所述，监理工程师证书至少包括三种，具体分类和适用范围可以根据不同标准和要求进行细分。