监理工程师企业用户申请流程如下：
实名认证
申请人通过“国家政务服务平台”进行个人用户账户注册并进行个人实名认证。
企业通过“国家政务服务平台”进行法人用户账户注册并进行企业身份认证。
网上申请
申请人登录“住房和城乡建设部政务服务门户”，在“人员行政审批事项”中选择“监理工程师”并选择业务类型—在线办理。按要求上传材料，经聘用企业确认后，通过“注册监理工程师管理系统”上报至省级，省级在5个工作日内上报至住房和城乡建设部执业资格注册中心。
申报材料
申请人需要填写注册信息，并上传相关附件材料，如劳动仲裁决定书或司法判决书等。
聘用企业需要打印有申请人手写签字、企业法人签字并加盖企业公章的申请表及相关材料扫描件，并上传到注册系统。
审核与证书领取
住房和城乡建设部执业资格注册中心在收到上报材料后进行审核，审核通过后发放注册证书及防伪贴。
建议：
申请人应提前准备好所有必要的材料，并确保所有信息的真实性和准确性。
聘用企业应指定专人负责申报工作，确保材料的及时上传和确认。
关注申报进度，以便及时响应审核意见并进行必要的补充材料。