注册安全工程师两门有效期如下：
考全科情况
成绩有效期为4年。考生必须在连续的4个考试年度内通过全部科目，才能取得中级注册安全工程师职业资格证书。
免一科情况
成绩有效期为3年。考生需在连续的3个考试年度内通过剩余的3个科目，方可取得中级注册安全工程师职业资格证书。
免二科情况
成绩有效期为2年。考生需在连续的2个考试年度内通过剩余的2个科目，方可取证。
因此，对于参加两门考试的注册安全工程师，如果是免二科的情况，成绩有效期为2年；如果是考全科或免一科的情况，成绩有效期分别为4年和3年。这些规定适用于所有符合报考条件的考生，无论其免试情况如何。