监理工程师证书的发证机构主要有以下几种：
国家级机构
中国工程监理协会：由住房和城乡建设部直接领导，负责组织和颁发国家级监理工程师证书。这个证书的权威性和含金量非常高，因为它是国内和国际上享有较高声誉的行业组织颁发的。
住房和城乡建设部：负责颁发国家监理工程师证书，这是建筑行业中监理工程师的顶级证书，具有严格的要求和高认可度。
省级机构
各省住房和城乡建设厅：负责组织和颁发省级监理工程师证书。这些证书通常会参照国家级机构的标准设计考试内容和标准，但也会根据地方不同情况进行适当调整。
省级建筑行业协会或工程咨询协会：颁发注册监理工程师证书，分为不同级别和专业类别。虽然这些证书的认可度相对较低，但它们适用于不同的专业和领域。
其他机构
私人机构：提供监理工程师证书的申请和培训服务，但这些机构的证书往往缺乏政府的认可和批准，很难得到社会的认可和信任。
建议
选择国家级机构颁发的证书：如中国工程监理协会或住房和城乡建设部颁发的监理工程师证书，因为这些证书的权威性和认可度最高。
选择省级机构颁发的证书：如果考虑在地方发展，省级住房和城乡建设厅颁发的证书也是一个选择，因为它们符合地方实际情况并有一定的认可度。
避免私人机构：在选择证书申请和培训机构时，应选择有丰富实践经验和良好口碑的机构，以确保证书的合法性和正规性。
综上所述，建设行政主管部门或国家人力资源和社会保障部颁发的监理工程师证书是最佳选择，因为它们具有高度的权威性和认可度。