由于监理工程师指令错误导致停工，施工单位可以采取以下措施：
沟通协商
首先，建议与监理工程师进行沟通，明确停工原因及双方的责任。了解监理工程师的指令是出于何种考虑，是否存在误解或信息不对称。
整理证据
搜集与此次停工有关的所有证据，如监理指令、施工日志、现场照片等，以便在后续的协商或争议解决中提供依据。
参考行业惯例
在合同没有明确规定的情况下，可以参考建筑行业的一般惯例和相关规定，了解类似情况下的处理方式。
补充协议
双方可以就此次事件达成补充协议，明确责任和赔偿事宜。在补充协议中，可以规定监理工程师在类似情况下的责任和义务，以及施工单位应获得的赔偿。
法律途径
若协商无果，可以考虑采取法律途径解决争议。根据《中华人民共和国合同法》第二百八十四条，因发包人的原因致使工程中途停建、缓建的，发包人应当采取措施弥补或者减少损失，赔偿承包人因此造成的停工、窝工、倒运、机械设备调迁、材料和构件积压等损失和实际费用。
直接索赔
施工单位也可以直接向监理单位索赔，因为监理工程师的错误指令属于监理单位的工作失误，监理单位应承担相应的责任。
建议
及时沟通：施工单位应尽快与监理工程师和相关方进行沟通，明确停工原因和责任，避免损失扩大。
保留证据：确保所有相关证据得到妥善保存，以便在后续的争议解决中提供支持。
寻求专业法律意见：在必要时，施工单位可以咨询专业律师，获取更具体的法律建议和帮助。
通过以上措施，施工单位可以更有效地处理因监理工程师指令错误导致的停工问题，并维护自身的合法权益。