二级建造师证书 确实有水印。根据多份资料的内容，可以确认以下几点：
真实证书的特征：
真实的二级建造师证书在特殊加工处理后，背面会有二维码和水印等防伪特征。
防伪特征的目的：
这些防伪特征，如水印，是官方机构在制作证书时加入的，目的是保护证书的真实性，防止伪造。
纸质证书的水印：
对于纸质证书，水印是纸张的一部分，因此无法直接去除。
电子证书的特征：
对于电子证书，虽然不会有物理水印，但会有颁发机构的数字签名，以确保证书的真实性。
综上所述，无论是纸质版还是电子版的二级建造师证书，都包含防伪特征，如水印，以确保证书的合法性和真实性。如果您需要验证或识别二级建造师证书的真伪，建议通过官方渠道进行验证，例如扫描证书上的二维码或联系证书颁发机构进行核实。