监理工程师合同结算程序如下：
承包商提交结算资料
承包商每月25日上报监理工程结算资料，并填报“工程合同款审定会签单”（一式四份）。
监理工程师审核
监理工程师在收到承包商提交的工程结算资料及“工程合同款审定会签单”后的七个工作日内，完成结算的审核并签字盖章。
报送电站公司计划合同部
监理工程师在次月初将结算资料报送电站公司计划合同部，由计划合同部按程序进行审核签批。
相关部门审核
工程物资部对工程量、工程进度进行考核审定，提出支付审核意见。
安全监察部根据施工现场安全、文明施工情况，对承包商进行考核并提出支付审核意见。
计划合同部根据合同条款（重点为合同单价及部门审核意见）核定应支付金额。
财务部根据甲供材料及水、电费等情况，提出相应的扣款数额。
公司领导审批
计划合同部报请公司领导审批，并将最终审批后的数额记入合同管理台账。
办理支付手续
计划合同部将经总经理最终审批后的会签单及结算资料送财务部，同时通知承包商办理支付手续。
存档和记录
付款后，结算资料及会签单一份由财务归档，其余三份会签单返计划合同部。
建议：
承包商应确保按时提交完整的结算资料，以便监理工程师及时审核。
监理工程师在审核过程中应严格按照合同条款和相关法律法规进行，确保结算的准确性和合法性。
各相关部门应积极配合，确保结算流程的高效进行。