全国造价员证书的发证机关主要有两个：
中国造价工程师协会：
根据相关文件，造价员证书是由中国造价工程师协会颁发的，全国通用，并可在全国范围内调转。
各省、自治区、直辖市的建设行政主管部门：
造价员证一般由各省、自治区、直辖市的建设行政主管部门颁发，具体可咨询当地建委或相关部门。
此外，中国工程建设造价管理协会授权各个省、直辖市、自治区工程造价管理机构或造价协会负责地方的造价员考试及发证工作，通过考试取得造价员资格证后，全国通用，跨省执业应当到当地造价管理机构换发当地的造价员证和章。
综上所述，全国造价员证书的发证机关为中国造价工程师协会或各省、自治区、直辖市的建设行政主管部门。建议您在考取造价员证书时，明确具体的发证机构，以确保证书的合法性和有效性。