关于水利造价工程师是否已经合并到住建部的问题，目前没有明确的政策表明水利造价工程师已经合并到住建部。水利造价工程师仍然是在水利系统内有效的行业内部资格。
尽管在2018年7月20日，住建部与交通运输部、水利部、人社部联合印发了新版《制度》，规定造价工程师分为一级和二级造价工程师，并在专业科目里新增了交通运输工程和水利工程专业。但根据这些信息，我们可以理解为，虽然交通运输工程（包含公路工程和水运工程）被合并为一个专业类别并纳入造价工程师职业资格制度中，但这并不意味着水利造价工程师资格已经直接合并到住建部。
因此，对于想要在住建部注册为造价工程师的水利造价工程师，仍然需要满足住建部关于造价工程师的注册条件，并可以申请一级或二级造价工程师的初始注册。