二级建造师在处理施工设计变更时，应当遵循以下程序：
施工单位提出变更申请
施工单位需向总监理工程师提交书面变更申请，内容包括变更内容、原因、影响范围等，并提供相关技术依据和图纸资料。
变更评估与审核
相关部门或项目负责人对变更申请进行评估，考虑变更的必要性、合理性及其对项目整体进度、质量和安全的影响。
在评估结果符合要求的前提下，相关部门或项目负责人对变更申请进行审核，包括技术可行性、经济合理性、环境影响等。
变更批准
审核合格后，相关部门或项目负责人批准变更申请，并在相关资料上加盖批准戳章。
设计单位确认变更方案
建设单位工程师将变更方案报项目经理或总经理同意后，通知设计单位工程师。设计单位工程师认可变更方案，并进行设计变更，出具变更图纸或变更说明。
变更图纸或说明的发布
变更图纸或变更说明由建设单位发至监理工程师，监理工程师再发至施工单位及造价公司。
备案与手续办理
将变更方案报相关主管部门备案，办理相关手续，确保变更合法有效。备案完成后，施工单位可进行变更施工。
建议
提前规划：在项目开始前，应充分考虑可能的设计变更，并在合同中明确变更处理流程和费用承担方式。
沟通顺畅：各方应保持密切沟通，确保变更申请及时、准确，减少不必要的延误和成本增加。
文件完整：所有变更相关的文件应完整保存，以便于后续审计和追溯。
遵循上述程序，可以有效确保设计变更的顺利进行，同时保障工程质量和安全。