二级建造师考试如果缺考一门，将会有以下影响：
成绩无效：
缺考的那一科成绩将视为无效，无法在本次考试中取得分数。
学习压力增加：
在下一个考试年度，考生需要同时准备未通过的科目和已经通过的科目，这会增加学习压力。
证书取得时间延后：
由于需要连续两个考试年度内通过全部三个科目的考试，缺考可能导致取得二级建造师证书的时间延后。
第二年成绩作废：
如果第二年继续缺考，那么第一年已经通过的科目也会全部作废，需要重新准备所有科目。
综上所述，建议考生如果没有特殊情况，应尽量参加考试，避免因缺考而影响整个考试进程和成绩。