造价工程师的利润计算基数有以下几种常见方法：
以直接费为计算基数
利润 = （直接工程费 + 措施费 + 间接费） × 相应利润率。
以人工费为计算基数
利润 = （直接工程费 + 措施费中的人工费） × 相应利润率。
以工程总造价减去直接成本和间接成本后的余额为计算基数
利润 = 工程总造价 - 直接成本 - 间接成本。
以定额人工费或定额人工费与机械费之和为计算基数
利润 = 定额人工费或定额人工费与定额机械费之和 × 相应利润率。
以材料费、加工费、辅助材料费、专用工具费、废品损失费之和加包装费之和为计算基数
利润 = （材料费 + 加工费 + 辅助材料费 + 专用工具费 + 废品损失费 + 包装费） × 一定利润率。
在实际应用中，造价工程师可以根据具体情况和企业的需求选择合适的计算基数，并确定相应的利润率。不同的计算基数适用于不同的工程类型和造价管理要求。建议在实际应用中结合工程的具体情况和相关法规进行选择，并在必要时咨询专业的工程造价管理机构或专家。