监理工程师回复流程如下：
准备阶段
施工单位需按照监理通知单的要求完成整改工作，并对整改结果进行详细记录。
填写步骤
标题：在回复单开头注明“监理工程师通知单回复”及回复单编号。
内容：
明确问题或进度实际情况。
给出监理部门的处理方案或建议。
说明相关的法规或标准条款。
签字盖章：
施工单位先签字并盖项目章。
监理工程师看过后签字，并盖监理公司章子。
审核与复查
监理工程师在回复签字前应对合同文件、规范、标准等建设文件进行认真仔细的审查，确保相关文件的适用性和合格性。
监理工程师需要核实施工单位和设计单位的一些细节和数据，例如钢筋数量、混凝土强度等，确保每个细节都符合法律法规和工程质量标准。
监理工程师在签字过程中应当注意签字的时间和地点，确保签字时间和地点的准确性和方便性。
监理工程师在签字之前应当与业主或建设单位进行沟通，确保业主或建设单位对工程的质量和安全有充分的了解和认知。
整改与复查
监理单位发现问题后，发一个监理通知单，要求施工单位进行整改。如果施工单位整改完成，向监理工程师报整改回复。监理工程师现场复查，如果合格，签“已经整改，符合要求”；如果不行，签“整改情况不符合要求，不予通过”。
监理工程师通知单被回复后，如果都已经整改好，工程师就签“已按规定要求整改完毕”，如果没有整改完毕就先不签，等整改完了再签。
通过以上流程，监理工程师可以确保对施工现场的问题进行有效管理和监督，保证工程质量和安全。