水运监理工程师的注销流程如下：
自愿申请注销
水运监理工程师可以自愿申请注销其资格证书，原因可能包括个人原因、工作变动等。
违规被注销
如果水运监理工程师在工作中存在违规行为，如贪污受贿、弄虚作假等，将会被注销其资格证书。
到期未更新
水运监理工程师的资格证书在有效期限内需要定期更新。如果到期未更新，将会被注销。
所需材料
身份证原件及复印件
水运监理工程师证书原件及复印件
填写好的注销申请表
监理工程师执业印章（如适用）
办理流程
准备材料
准备好所有必需的材料，包括身份证、证书、申请表和执业印章。
提交申请
将准备好的材料带到当地水利主管部门或相关机构，填写注销申请表并提交。
审核过程
相关部门会对申请进行审核。审核通过后，资格证书将被注销，并收回证书。
领取注销证明
注销手续完成后，水利主管部门会出具注销证明，监理工程师需要前往领取。
注意事项
注销后，水运监理工程师将无法继续从事该职业，对其个人发展产生影响。
对于违规行为者，应根据具体情况进行惩处，惩处力度需与违规程度相匹配。
对于到期未更新者，应加强资格证书更新的宣传力度，提高水运监理工程师的维护意识。
建议在申请注销前，仔细考虑并咨询当地相关部门或机构，以确保流程顺利进行。