安全工程师在进行威胁因素分析时，通常会采用以下几种方法：
直观经验法
对照、经验法：这种方法依赖于分析人员的观察分析能力和经验，通过对照相关标准、法规、检查表等来进行危险性和危害性的评价。其优点是简便易行，但缺点是可能受到分析人员知识和经验的限制，导致遗漏某些因素。
类比方法：利用相同或相似系统、作业条件的经验和安全生产事故的统计资料来类推、分析评价对象的危险、危害因素。这种方法多用于危害因素和作业条件危险因素的辨识过程。
系统安全分析方法
事件树（ETA）：通过分析一个初始事件可能导致的多种后续事件，以及这些事件发生的概率，来评估系统在不同情况下的安全性。
事故树（FTA）：通过分析导致特定事故的各种可能原因，以及这些原因之间的逻辑关系，来评估事故发生的可能性和严重性。
综合风险评估
安全工程师对整个工作环境进行全面的评估，识别潜在的威胁和可能的风险因素。这包括对设备、材料、施工和操作过程等进行检查和分析，并考虑可能的事故和紧急情况及其对人员和设备的潜在危害程度。
风险识别和分类
在综合评估的基础上，对风险进行识别和分类。逐一分析潜在的风险因素，并评估其对工作环境和人员安全的影响。通过分类，可以更好地制定相应的措施来降低风险。
危险、有害因素分类
按照相关标准（如GB/T13861-92《生产过程危险和有害因素分类与代码》）将危险、有害因素分为不同的类别，如物理性危险、化学性危险、生物性危险、心理生理性危险、行为性危险等。
具体环境分析
分析厂址的工程地质、地形、自然灾害、周围环境、气象条件、资源交通、抢险救灾支持条件等。
评估厂区平面布局，包括功能分区、高温、危害物质、噪声、辐射、易燃、易爆、危险品设施布置，以及工艺流程和建筑物、构筑物布置等。
通过这些方法，安全工程师可以系统地识别和分析工作环境中存在的威胁因素，并采取相应的预防措施，以确保工作场所的安全。