离职时公司扣押造价工程师证书的情况，通常涉及以下几个方面的处理：
沟通协商
首先，您可以与公司进行沟通，了解公司扣押证书的具体原因，并尝试协商解决。
如果公司扣押证书是因为存在未解决的纠纷或违约情况，通过协商可能达成双方都能接受的解决方案。
法律途径
如果公司无理扣押您的造价工程师证书，您可以寻求法律帮助。可以向当地劳动监察大队投诉，或者申请劳动仲裁，要求公司归还证书。
根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条和第八十四条，用人单位扣押劳动者居民身份证等证件是违法行为，劳动行政部门会责令其限期退还，并可能给予处罚。
重新办理
如果原证书确实无法拿回，您可以向相关部门咨询，了解重新办理证书所需的条件和程序，以便尽快重新获得。
如果证书是通过企业出资培训后取得的，您可能需要遵守协议中的相关规定，例如在离职后的一段时间内不得带走该证书。
注销和重新注册
您可以尝试在线注销证书，例如通过“国家政务服务平台”或地方政务服务平台进行注销，然后在新单位重新注册。
如果单位不配合办理，您可以凭劳动仲裁部门出具的仲裁裁决书或法院判决书等证明材料，到各地方住建委行政服务中心窗口强制注销。
建议
仔细阅读协议：在签订任何协议前，务必仔细阅读并理解协议内容，尤其是关于离职后证书归属的部分。
保留证据：保留所有与证书扣押相关的证据，如解聘证明、协议、沟通记录等，以便在需要时提供证明。
寻求专业帮助：如果问题复杂，建议咨询专业的劳动法律师，获取更具体的法律建议和帮助。
通过以上步骤，您应该能够妥善解决离职时造价工程师证书被扣押的问题。