如果交通监理工程师的注销申请被拒绝，可以采取以下措施：
向国务院建设主管部门举报
注册监理工程师本人和聘用单位应当及时向国务院建设主管部门提出注销注册的申请；有关单位和个人有权向国务院建设主管部门举报；县级以上地方人民政府建设主管部门也可以进行举报。
书面申诉
监理工程师离职后证件不给注销，可以写一份书面申诉材料，内容包括单位名称、离职时间、注册的证件、一直不给注销的原因等，向当地劳动执法大队投诉或向人民法院起诉。提交申诉书后附上资格证和身份证复印件、合同协议书、离职手续证明材料等，每页上签名按手印，发快递邮寄到省交通厅信访办收。
沟通与法律途径
先与相关单位沟通，了解不给注销的具体原因，若无效，可向上级反映或寻求法律途径。保持冷静，依法维权。
要求支付相关费用
可以要求占用使用费，或者向权力部门咨询怎么撤下。
向监管部门投诉
从监管层面来看，企业不注销监理工程师资格是违规的行为。《监理规定》和《企业资质管理条例》都规定了持证人离开原工作单位后，须及时通知原颁发证书的机构予以注销。同时，监管部门也在加强对企业的监管，开展了专项行动，对不注销监理工程师的企业进行了处罚。
准备注销所需材料
需要去交通部提交注销申请，所需材料包括：监理工程师注销申请表、本人身份证件、监理工程师证书、监理工程师执业印章、相关证明文件的任一情况、监理工程师的学历、学位证书等。
建议首先尝试通过沟通和法律途径解决问题，如果这些方法都不奏效，再向更高级别的主管部门投诉或寻求法律援助。