监理工程师资格证书并没有被取消。监理工程师是经过人力资源和社会保障部认定的正式资格证书，其执业资格考试合格者的证书在全国范围内有效。尽管在某些特定领域（如水利工程）中，总监理工程师的职业资格被取消，并由企业自行聘任满足工作要求的监理工程师担任总监理工程师，但这并不影响监理工程师整体职业的存在和重要性。
此外，监理工程师资格认证制度也在进行改革，例如，交通运输部已经将监理工程师职业资格准入制度调整为水平评价类，以适应我国监理行业的发展需要，促进监理工程师队伍的专业化、规范化发展。
综上所述，监理工程师资格证书目前并没有被取消，而是在不断改革和完善中。