电气工程师证书的发证机关主要有两个：
工业和信息化部教育与考试中心：
该中心是工信部直属的事业单位，负责工业、通信业和信息化系统专业人才培训及相关资格考试。电气工程师证书由该中心颁发，是全国范围内认可的有效证书。
人力资源社会保障部和住房城乡建设部：
这两个部门共同颁发注册电气工程师资格证书。证书在全国范围内有效，且需要通过中国人事考试网进行查询。
因此，电气工程师证书的发证机关可能是 工业和信息化部教育与考试中心或 人力资源社会保障部和住房城乡建设部。具体颁发机构可能会根据不同的证书类型和申请渠道有所差异，建议申请者根据具体情况选择合适的发证机关进行申请。