水利造价工程师的发证部门为 住房城乡建设部、交通运输部、水利部。具体而言，一级造价工程师职业资格注册的组织实施由这三个部门分别负责，且他们负责制定相应的注册管理办法并监督执行。准予注册后，由这三个部门核发《中华人民共和国一级造价工程师注册证》（或电子证书）。对于二级造价工程师，虽然资格证书是由各省、自治区、直辖市的人力资源社会保障行政主管部门颁发，但注册及相关工作还是由住房城乡建设、交通运输、水利行政主管部门按专业类别分别负责。
因此，若要获取水利造价工程师的资格证书和注册证书，需要分别关注这三个部门的官方通知和程序。建议直接联系相关行政主管部门或访问其官方网站，获取详细的注册和领证信息。