消防工程师进行消防系统调试的步骤如下：
调试前的准备工作
根据系统设计图纸检查系统安装是否符合设计要求。
检查系统线路，对错线、开路、短路、虚焊等进行处理。
检测系统线路对地绝缘电阻和系统接地是否满足《火灾自动报警系统施工及验收规范》的要求，对地绝缘电阻不小于20兆欧，使用专用接地时地线对地电阻不能大于4欧姆，使用联合接地时地线对地电阻不能大于1欧姆。
对控制柜、火灾显示盘、火灾专用计算机等设备逐个进行单机通电检查，正常后方可进行系统调试。
系统调试
按系统设计图纸对安装的探测器和各种模块（监视、控制模块）进行编码，如果图纸上没有探测器和各种模块的编号，调试人员应将探测器和各种模块的实际地址编码准确地标明在图纸上。
根据编完地址码的信号线路、控制器对应的回路、探测器和各种模块的编号，整理出地址编码表，并根据地址编码表和系统消防设备的控制要求进行显示关系、系统信息、联动关系编程。
将编完地址码的信号线路准确地接入控制器，并对线路作好明显标记。对线路故障、探测器故障、模块故障等逐一进行排除。
按联动控制要求对控制模块和控制程序进行模拟试验，直至系统全部正常为止。
手动启动每个受控的消防联动设备，如：消防广播、消防警铃、正压风口、正压风机、排烟阀、排烟风机、消防泵、喷淋泵、消防电梯迫降、非消防电源切断、事故照明等。
调试后的检查
调试结束后，由专业技术人员编制调试程序，并按照程序进行调试。
火灾自动报警系统调试步骤分为准备工作、开机调试、运行验收三个步骤。
调试前资料准备，包括系统图、平面图、非标柜接线端子图、使用说明书、业主或施工方对工程的要求、要点等。
对系统进行自检及了解工程施工情况，根据系统设计图纸检查系统安装是否符合设计要求。
常见故障及处理方法
某个回路全部地址都报故障，可能原因：该回路总线未接入FA5058控制器、总线正负极性接反或者总线线路断线。解决办法为将线路改正。
某几个地址报故障，可能原因：编码错误、正负极性接反、线路断线、设备损坏。解决办法：A、检查故障地址的总线连接是否有误。B、检查故障地址是否拨号正确、是否有重码、设备类型是否正确。
通过以上步骤，消防工程师可以全面、系统地完成消防系统的调试工作，确保系统的稳定运行和可靠性。