监理工程师在协调工程各方关系时，应遵循以下原则：
以合同为依据：
监理工程师应以合同条款为基础，通过充分协商使建设各方协调一致，以实现合同规定的目标。
总体协调原则：
在监理工程项目内，组织协调应避免影响其他合同项目或其他监理单位的施工，确保整个工程项目的顺利进行。
及时上报原则：
对于超出监理中心权限的问题，监理工程师必须及时报请业主单位进行组织协调，并积极协助或参与协调工作。
公平、公正、协调的原则：
监理工程师在协调过程中要保持中立，遵守职业道德，制约自身不违规，与业主、承包商、勘察、设计等单位的相关管理人员之间，既要形成良好的工作关系，又要保持一定距离。
知情原则：
监理工程师应对重大工程建设活动情况进行严格监督和科学控制，对出现的问题要分析原因，对症下药，恰当地协调好各方关系。
正确的工作方法：
监理工程师应运用多种组织协调方法，如协调、对话、谈判、发文、督促、监督、召开会议、发布指示、修改计划、进行咨询、提出建议、交流信息等，以提高协调效率和质量。
原则性、灵活性、针对性、群众性：
在协调工作中，监理工程师要坚持原则，严格按照国家相关法律法规、规范、标准执行；同时要灵活应对各种情况，因人、因事、因地而宜，突出重点，分清主次，抓主要矛盾。
公正、独立、自主的原则：
监理工程师在建设工程监理中必须尊重科学、尊重事实，组织各方协同配合，维护有关各方的合法权益，保持独立性和自主性。
总监理工程师负责制原则：
总监理工程师是工程监理全部工作的负责人，对工程进度、质量、安全等方面负全面责任。
权责一致原则：
监理工程师承担的职责应与业主授予的权限相一致，确保监理职权的有效行使。
综合效益原则：
监理工程师在监理活动中既要考虑业主的经济效益，也要考虑社会效益和环境效益的有机统一。
这些原则共同构成了监理工程师在建设工程监理中协调工作的基础，旨在确保工程项目的顺利进行，同时维护各方的合法权益。