监理工程师擅自离岗是 违反了监理职责的行为，可能会受到相应的处理。具体处理方式可能包括：
立即向上级汇报：
监理工程师应立即向直接上级汇报其离岗情况，说明原因，并按照相关规定进行处理。
确保项目正常运作：
在离岗期间，监理工程师应确保项目能够正常运作，避免因缺岗而影响工程质量。
可能面临警告或罚款：
根据相关规定，监理工程师不在岗可能会被给予警告或罚款，情节严重者可能会被暂停或吊销资格证书。
承担相应的经济责任：
如果因监理工程师不在岗导致项目损失，监理单位或建设单位可能会要求赔偿经济损失。
及时安排工作交接：
监理工程师离职或调岗时，应及时与公司沟通，合理安排工作交接，确保项目顺利进行。
建议监理工程师严格遵守工作纪律，确保在任职期间尽职尽责，避免因擅自离岗给项目带来不利影响。同时，监理单位也应加强对监理工程师的管理和监督，确保项目质量和进度。