一级建造师证书被扣时，可以采取以下措施：
与原单位协商
首先应尝试与原用人单位进行友好协商，说明该行为违反了《劳动法》的相关规定，要求归还证书。
法律途径
如果协商无果，可以向当地劳动部门举报，由劳动行政部门责令限期退还证书，并可能依法进行处罚。
持证人还可以选择向劳动仲裁部门或法院申诉解除劳动关系，并提交相关证明材料进行申诉。维权部门将出具解除劳动关系的证明材料。
注销注册
若原聘用单位不配合办理注销注册，持证人应准备相关材料，如情况说明、身份证原件、解聘证明等，提交至省级建设行业行政主管部门办理证件解除业务。
如果原聘用企业无故不予办理变更注册或注销注册，可以通过法律渠道对该单位进行举报。
证书丢失重办
如果建造师证书还没有注册到单位，可以到发证处申报丢失重办，这样以往的证书便可作废。
在处理过程中，持证人应保持冷静，通过合法途径维护自身权益。同时，建议及时咨询当地建设行政主管部门或法律专业人士，获取更具体的指导和帮助。