监理工程师结清款的过程涉及以下几个步骤：
最终结清申请
监理人在缺陷责任期终止后，收到承包人提交的最终结清申请单。申请单中应包含应支付的所有款项明细及相应的支持文件。
价款审核
监理人在收到最终结清申请单后的14天内，提出发包人应支付给承包人的价款，并送发包人审核。同时，该价款会抄送给承包人，以便他们了解审核进度。
最终结清证书
发包人在收到监理人提出的价款后，应在14天内审核完毕。审核通过后，监理人会向承包人出具经发包人签认的最终结清证书。
支付款项
发包人在监理人出具最终结清证书后的14天内，将应支付款支付给承包人。支付完成后，整个结清流程即告完成。
建议
提前准备：承包人应提前准备最终结清申请单及相关支持文件，确保所有内容准确无误。
及时沟通：在提交申请后，承包人应保持与监理和发包人的沟通，及时了解审核进度和支付情况。
文件保存：最终结清证书及相关文件应妥善保存，以备后续可能出现的争议或审计需要。
希望这些信息对你有所帮助。