电气工程师证书的颁发机构主要有以下几种：
工业和信息化部教育与考试中心：
该中心颁发的电气工程师证书是正规的国家级证书，全国范围内适用，且具有较高的认可度。培训和考试均在线上完成，证书编号与身份证号在同一页。
国家人力资源和社会保障部：
该部门也发放电气工程师证书，同样具有较高的认可度，并且持有该证书还可以申请补贴，最高可达2000元。
中国电气工程协会：
该协会也颁发电气工程师证书，但相比前两个机构，其认可度略低一些。
国家建设部：
虽然过去有证书由国家建设部发放的说法，但当前该机构已经不再颁发电气工程师证书。
建议
首选：如果希望在电力、电子、通信等行业获得更广泛的认可，并且希望证书具有全国通用性，那么 工业和信息化部教育与考试中心颁发的证书是最佳选择。
次选：如果考虑到补贴申请等附加福利， 国家人力资源和社会保障部颁发的证书也是一个很好的选择。
其他：虽然中国电气工程协会也颁发证书，但其认可度相对较低，如果不是特别追求广泛认可，可以考虑其他选项。
建议根据个人职业发展和实际需求，选择最适合自己的发证机构。