安全工程师在运用系统原理时，主要遵循以下几个原则：
动态相关性原则
系统中的各要素是运动和发展的，它们相互联系又相互制约。在安全生产管理中，这意味着必须关注各要素的变化和发展，及时采取措施应对可能引发的事故。
整分合原则
高效的现代安全生产管理需要在整体规划下明确分工，在分工基础上有效综合。企业管理者在制定整体目标和进行宏观决策时，必须将安全生产作为一项重要内容考虑。
反馈原则
反馈是控制过程中对控制机构的反作用。在安全生产管理中，及时捕获和反馈各种安全生产信息，以便及时采取行动，是提高管理效率和效果的关键。
封闭原则
在任何一个管理系统内部，管理手段和管理过程必须构成一个连续封闭的回路，才能形成有效的管理活动。这意味着企业内部的各种管理机构之间、管理制度和方法之间，必须具有紧密的联系，形成相互制约的回路。
预防原则
安全生产管理应以预防为主要原则，通过预先识别和评估潜在的危险和风险，采取相应的措施来预防事故的发生。
动力原则
系统原理中还包括动力原则，即管理系统必须具有持续的动力，才能保持其稳定运行和不断发展。在安全生产管理中，这意味着要激发员工的安全意识和积极性，形成持续改进的动力。
通过运用这些原则，安全工程师可以更好地识别、评估和控制组织内部和外部的风险，建立和维护一个完善的安全管理体系，从而保障组织的安全和稳定。