专业监理工程师的注册流程如下：
提交注册申请
取得监理工程师执业资格证书后，申请人需向所在单位申请办理注册手续。
初始注册需要提交个人身份信息、所学专业、工作经历、工程业绩等相关证明材料，以及填写完整的初始注册表和劳动合同等。
选择注册平台
住建部、交通部、水利部分别负责不同专业的监理工程师证书注册工作，申请人需通过相应的网络平台进行在线申请。
例如，土建工程监理工程师可通过住建部网站办事大厅进行在线申报。
填写注册申请表
申请人需登录相关网站，填写并打印《中华人民共和国注册监理工程师初始注册申请表》，并上传相关电子文档。
单位签署意见
申请人所在的聘用单位需在初始注册申请表上签署意见并加盖单位印章，然后将申请材料递送到所在城市的建筑业资格注册大厅进行初审。
初审与上报
省建设主管部门对申请材料进行初审，形成初审意见后，连同相关资料一并上报至国务院建设主管部门。
审批与公示
国务院建设主管部门对所有申请初始注册的材料进行审查，并在网上进行公示公告，最终完成审批手续，对准予初始注册的人员，由建设部统一核发《中华人民共和国注册监理工程师注册执业证书》及执业印章。
继续教育要求
若申请人逾期未申请初始注册，则必须符合继续教育的要求后方可进行申请。
建议申请人在进行注册前，仔细阅读相关网站上的详细指引，确保所有材料齐全且符合要求，以顺利完成注册流程。