监理工程师签证工程款是指施工单位实际完成的工程量价款，在扣除质保金、甲供材料、工程预付款等项后，由监理工程师签证确认并报送建设单位，最终由建设单位支付的款项。
具体流程包括：
1. 施工单位提交《工程款支付申请表》。
2. 监理工程师审核工程量是否与实际相符，工程质量是否合格，投资控制工程师审核总价，确定应付工程款项，并由总监签认《工程款支付证书》。
3. 建设单位根据监理工程师签发的《工程款支付证书》拨付工程款项。
需要注意的是，签证工程款需要扣除质保金，质保金是为确保工程质量和后续维护的一种保障措施，一般约定为工程款的一定比例。此外，工程签证单需要经发包人签字或盖章认可，否则不能计取签证部分的工程款。
建议在实际操作中，监理工程师应严格按照合同约定和相关法规进行签证，确保签证工程款的准确性和合法性。