如果二级建造师的证书被扣或者公司不配合办理相关手续，可以采取以下措施：
与公司协商：
首先应该与公司进行协商，说明情况，看是否能够通过友好协商的方式解决问题。
联系劳动监察部门：
如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，他们负责处理劳动争议案件，并会对用人单位的违法行为进行调查。
申请劳动仲裁：
如果劳动监察部门的处理结果不满意，或者用人单位未在规定时间内作出回应，可以申请劳动仲裁。劳动仲裁是解决劳动争议的一种法律程序。
向法院提起诉讼：
如果对劳动仲裁的结果仍然不服，可以向法院提起诉讼。诉讼是解决劳动争议的最终途径。
挂失证书：
如果证书被扣，可以拿着身份证去当地住建委挂失证书，这样他们手里的证书就变成废纸了。
举报盗用行为：
如果怀疑证书被盗用，可以向住建厅举报盗用行为。
法律援助：
如果经济困难，可以申请法律援助，许多地区设有法律援助机构，为经济困难或特殊案件的当事人提供免费或低收费的法律咨询服务。
联系行业协会：
如果证书属于某个特定的行业协会管理，可以尝试联系该协会寻求帮助。
建议优先尝试与公司协商，如果协商无果，再考虑上述其他途径。在整个过程中，保持冷静，收集并准备好所有相关的证据材料，以便在需要时能够提供支持。