当二级建造师的执业资格证书被扣分后，应采取以下步骤进行处理：
了解扣分原因
向负责管理的部门获取详细的扣分信息，包括扣分的原因、时间、地点等。这些信息将帮助你理解发生了什么问题，以便采取相应的纠正措施。
接受处罚
根据扣分的原因，你可能需要接受一定的处罚。这可能包括罚款、暂停执业资格等。在接受处罚的同时，你应该确保完全理解处罚的内容和原因，以避免将来再次出现类似的问题。
整改与教育
为了消除扣分的影响，你需要对导致扣分的行为或情况进行整改。这可能包括改进工作流程、加强内部管理、提高个人素质等。同时，你可能还需要参加相关的培训和教育，以提高自己的专业水平和法规意识。
重新申请
在完成整改并通过必要的考核后，你可以向管理部门提出恢复分数的申请。在申请时，你需要提供充分的证据来证明你已经改正了错误，并采取了有效的预防措施以防止类似问题的再次发生。
保持诚信执业
为了避免再次出现扣分情况，你需要保持诚信执业，严格遵守相关法律法规和行业规范。同时，也要不断提高自己的专业素养和服务质量，树立良好的职业形象。
关注政策动态
作为建造师，你需要密切关注相关政策动态，及时了解并适应行业变化。这有助于你更好地遵守规定，避免违规行为的发生。
寻求支持
在整个扣分和恢复的过程中，你可能会遇到一些困难和挑战。在这种情况下，你可以寻求专业人士或同行的支持和帮助，以便更好地应对问题。
通过以上步骤，你可以有效地处理二级建造师证被扣分的情况，并采取措施防止类似问题再次发生。