总监理工程师的变更权限主要包括以下几个方面：
变更建设项目的主体结构和功能
总监理工程师在建设项目实施过程中，由于建设需求变更、设计变更等原因，需要对项目的主体结构和功能进行变更。总监理工程师需通过审查评估，对变更方案进行技术论证和评估，并决策以确保项目按规划有序推进。
变更建设项目的合同、进度和质量
在项目实施过程中，总监理工程师负责管控建设合同、工程进度和质量。当发现合同、进度和质量存在问题时，总监理工程师有权在变更权限范围内进行调整。他需依据技术标准和规定，对工程问题进行评估和定性，并提出合理调整方案，确保项目按时按质完成。
变更项目专业监理工程师
总监理工程师有权变更项目专业监理工程师，但必须征得建设单位同意，并签署同意意见及报住建局建管股备案。
特殊情况下的变更
在特殊情况下，如总监理工程师有严重违法违规行为或其他违反法律法规情况，可以进行变更。此外，变更总监理工程师需满足具体限制条件和程序，如经过有关部门审批和合法程序，并选定下一位经验丰富、资质合格的总监理工程师，以确保工程质量和安全。
变更的通知和交接
总监理工程师变更需提前14天书面通知发包人，获得同意后方可变更。监理单位需出具《总监理工程师任命（变更）通知书》，并由监理单位总工签字、加盖公章后交建设和施工单位备案。新项目总监理工程师在接替前需与原项目总监理工程师进行充分交接，确保工程顺利进行。
变更的审批和备案
申请变更需注明变更原因、内容和变更后人选，且变更后人选需具备相应职称、资格证书及从业经验，无影响工程质量的不良记录。申请经审批机构审核通过后，方可批准变更，并以书面形式通知相关单位。
综上所述，总监理工程师在变更建设项目主体结构、功能、合同、进度和质量方面拥有重要权限，但这些权限必须在法律法规及建设单位同意的基础上行使，并遵循相应的程序和规范。