监理工程师总代理的职责主要包括以下几个方面：
监督工程施工：
确保施工合规，符合工程质量、工程进度、工程安全等方面的要求。
沟通协调：
负责与业主、设计单位、承包单位及工程相关部门的沟通与协调工作，确保各方利益得到平衡，保证工程进展顺利。
质量与安全检查：
对施工单位进行质量和安全的检查，对存在的问题提出整改要求并跟踪检查整改情况，确保施工过程中不发生安全事故和环境污染。
编制监理报告：
负责编制工程项目的监理报告，记录工程质量、进度、安全及资金使用等情况，为业主和相关单位提供决策依据。
审核与监督：
审核施工单位的施工进度和工程质量，报告工程进展情况和质量状况，确保施工单位按照施工图纸和技术规范进行施工。
参与工程验收：
参与工程验收工作，负责向业主提供工程质量验收报告和验收意见，确保工程符合相关法规和标准要求。
处理保修期问题：
协助业主和相关单位处理工程质量保修期内出现的问题，确保用户满意度。
参与结算工作：
参与工程结算工作，审核工程量清单和报价单，确保工程结算正确无误。
监督决策过程：
监督施工单位的决策过程，对施工单位的决策提出专业性意见，确保施工单位的决策科学合理。
投标与设计评审：
参与工程投标和设计评审工作，对工程设计方案和施工方案提出专业性意见，确保工程设计和施工的高水平。
整理监理资料：
协助总监理工程师整理工程项目的监理资料，确保资料的完整性和准确性。
汇报监理工作：
定期或不定期向业主和公司汇报监理工作情况，确保信息的及时传递和透明化。
这些职责确保了监理工程师总代理在工程项目中能够全面履行其职责，保障工程的质量、安全和进度，同时协调各方关系，提供必要的技术咨询服务。