监理工程师系统升级后，注销流程如下：
登录系统
监理工程师需要登录全国监理工程注册系统。
通过监理企业、建筑业企业、工程招标代理机构资质身份加密锁登录《注册监理工程师注册管理信息系统》。
填写注销申请表
填写《中华人民共和国注册监理工程师注销注册申请表》，并打印。
在系统中上传生成数据电子文档。
提交申请材料
向原聘用企业提交注销注册申请资料，经审核同意后，到北京市建筑业执业资格注册大厅办理相关申报手续。
准备好所有必要的材料，包括个人证件、职业资格证书、培训证书等，并确保文件的完整性和准确性。
审核过程
北京市建委注册管理部门对所有申请注销注册的材料进行初审，形成初审意见后连同相关资料一并上报建设部。
建设部对所有申请注销注册的材料进行审查，形成审查意见。
领取注销证书
审核通过后，由建设部收回监理工程师证书和印章。
注销操作完成后，监理工程师的个人信息将被从系统中移除，相应的准入资格也将被收回。
建议：
监理工程师在注销前务必仔细核对所有材料，确保无误。
提前了解并准备好所有必要的文件，以节省注销流程中的时间。
如果有任何疑问，可以咨询相关注册部门或专业人士，以确保注销过程顺利进行。