消防工程师在检查中可能直接判定为重大火灾隐患的情形包括：
公共娱乐场所、商店、地下人员密集场所的安全出口数量不足或其总净宽度小于国家工程建设消防技术标准规定值的80%。
生产、储存和装卸易燃易爆危险品的工厂、仓库和专用车站、码头、储罐区，未设置在城市的边缘或相对独立的安全地带。
生产、储存、经营易燃易爆危险品的场所与人员密集场所、居住场所设置在同一建筑物内，或与人员密集场所、居住场所的防火间距小于国家工程建设消防技术标准规定值的75%。
甲、乙类生产场所和仓库设置在建筑的地下室或半地下室。
旅馆、公共娱乐场所、商店、地下人员密集场所未按国家工程建设消防技术标准的规定设置自动喷水灭火系统或火灾自动报警系统。
易燃可燃液体、可燃气体储罐（区）未按国家工程建设消防技术标准的规定设置固定灭火、冷却、可燃气体浓度报警、火灾报警设施。
这些情形都是根据《重大火灾隐患判定方法》直接判定的要素。在实际操作中，消防工程师需要根据具体场所的情况和相关法规标准，仔细检查并判定是否存在上述情形，以确定是否存在重大火灾隐患。