二级建造师在准备起诉时，应当遵循以下步骤和注意事项：
确定管辖法院
根据《民事诉讼法》，应当向被告住所地或挂靠行为发生地的基层人民法院提起诉讼。
收集证据
证据包括但不限于：挂靠协议或相关书面文件；二级建造师的资格证书和执业印章的使用记录；挂靠期间的项目合同、工程图纸等文件；证人证言（如同事、项目经理等）。
准备起诉状
起诉状应详细列明原告和被告的基本信息、诉讼请求、事实与理由以及证据清单，并按照规定的格式书写。
提交起诉材料
将准备好的起诉状、证据材料及副本（按照被告人数加一的原则准备）提交至管辖法院，并可能需要支付一定的案件受理费。
等待立案审查
法院收到起诉材料后，会进行立案审查，审查通过后，法院会正式立案，并通知原告缴纳诉讼费用。
参与庭审
法院立案后，会安排开庭日期，原告需携带所有证据原件出席庭审，并根据法庭程序陈述案情、出示证据、质证等。
等待判决
庭审结束后，法官会根据双方提供的证据和陈述作出判决。如果对判决结果不满意，可以在判决书送达之日起十五日内向上级法院提起上诉。
执行判决
如果判决有利，而被告拒不履行判决义务，可以向法院申请强制执行。法院将依法采取强制措施，确保判决得到执行。
此外，针对二级建造师挂靠行为的非法性，还可以采取以下措施：
向当地建设行政主管部门举报此类非法行为，以获得行政上的支持。
建议在起诉前咨询专业律师，以确保诉讼过程顺利进行并维护自身合法权益。