水利监理工程师资格证书的颁发部门为 住房和城乡建设部、交通运输部、水利部共同实施。具体而言，人力资源社会保障部负责审定监理工程师职业资格考试科目和考试大纲，负责监理工程师职业资格考试考务工作，并会同住房和城乡建设部、交通运输部、水利部对监理工程师职业资格考试工作进行指导、监督、检查。同时，住房和城乡建设部牵头组织监理工程师职业资格考试的基础科目命审题工作，而交通运输部、水利部则分别负责拟定各自专业科目的考试大纲并组织命审题工作。
此外，虽然水利部曾负责水利工程建设监理单位资格认定，并且水利监理工程师资格证书最初可能由水利协会颁发，但这些规定已经过时，目前水利监理工程师资格证书的颁发已经统一由上述四个部门共同负责。
因此，若要获取水利监理工程师资格证书，应参加由住房和城乡建设部、交通运输部、水利部共同组织实施的监理工程师职业资格考试，并通过考试后由各省、自治区、直辖市的人力资源社会保障行政主管部门颁发中华人民共和国监理工程师职业资格证书。