监理工程师证书确实存在扣分的情况。监理工程师的违规行为会根据其严重程度受到相应的扣分处罚，扣分标准如下：
轻微违规：
扣2-5分。
中度违规：
扣6-10分。
重大违规：
扣11-20分。
违反职业道德：
一次扣6分。
违反质量、安全规定：
一次扣12分。
情节严重：
吊销资格证书。
此外，根据《监理工程师管理条例》第十六条规定，监理工程师如果违反了相关规定，除了扣分外，还可能面临警告、记过、记大过、降低等级或者吊销监理工程师证书等处罚措施。
因此，监理工程师在执业过程中必须严格遵守相关法律法规和职业道德规范，以确保工程质量和安全，避免因违规行为而受到扣分处罚。