监理工程师在建设工程监理中应遵循以下处理原则：
公正、独立、自主的原则：
监理工程师在建设工程监理中必须尊重科学、尊重事实，组织各方协同配合，维护有关各方的合法权益。
总监理工程师负责制的原则：
总监理工程师是工程监理全部工作的负责人，需要明确权、责、利关系，建立健全项目监理机构，形成高效能的决策指挥体系。
权责一致的原则：
监理工程师承担的职责应与业主授予的权限相一致，监理职权依赖于业主的授权。这种权利的授予体现在业主与监理单位之间签订的委托监理合同以及业主与承建单位之间的建设工程合同中。
综合效益的原则：
建设工程监理活动既要考虑业主的经济效益，也必须考虑与社会效益和环境效益的有机统一。
依法、依规、依约的原则：
监理工程师应依据相关法律法规和合同约定进行监理工作，不违反任何规定。
保证工程质量的原则：
监理工程师应确保工程质量符合相关标准和规定，不允许任何质量问题存在。
保护环境的原则：
监理工程师应保护环境，确保工程建设过程不对环境造成污染或破坏。
保护安全的原则：
监理工程师应保护工程建设过程中的人员和财产安全，确保工程建设过程中不发生任何安全事故。
保护合法权益的原则：
监理工程师应保护参与方的合法权益，确保各方的权益得到充分保障。
诚实守信的原则：
监理工程师应诚实守信，不得从事任何违法、违规、违约行为。
符合性原则：
根据工程的特点、环境条件、规模、复杂程度来审查承包单位的实力和管理水平，审查的标准为国家法律、法规、技术规范、规程、标准和设计文件等实际情况。
全面性原则：
工程项目的实施是一个系统工程，监理工程师必须重视所有环节链，确保计划的顺利实施。
科学化管理原则：
通过信息中心收集整理全过程管理中的信息，各相关部门协调沟通情况，准确及时地在项目网络上传递，使建设单位等相关单位都能随时上网查阅，了解和掌握工程建设的动态，及时发现问题、研究问题、解决问题。
这些原则共同构成了监理工程师在建设工程监理中的行为准则，确保监理工作的科学性、公正性和有效性。