在PPP（公私合作）模式下，政府出资部分参与折旧的处理方式主要取决于投资协议中的具体条款。以下是几种可能的情况：
按投资协议价值计提折旧
如果投资协议中明确了固定资产的价值，并且该固定资产有合法的发票，则可以按照投资协议价值（或固定资产发票入帐，若是全新设备）作为设备原值。对于全新设备，通常按照机器设备10年使用期限，扣除规定的残值率，在使用的次月，按年限法计提折旧。
按资产评估价值计提折旧
对于旧设备，如果没有合法的发票，则可能需要先到资产评估公司对其固定资产进行资产评估，计算出设备市场重置价值后，再作为投资价值。然后，按照估计能使用的年限，扣除残值率后，在使用的次月计提折旧额。
政府不承担折旧
根据某些PPP项目的安排，政府可能不承担项目企业的亏损，也不参与项目企业的利润分派。在这种情况下，政府出资部分可能不计提折旧，而是按照其他方式进行处理，例如通过项目企业的其他收益或现金流来回收其投资。
直线法折旧
在某些PPP项目中，固定资产可能采用直线法进行折旧。直线法折旧是指将固定资产的原值减去预计净残值后，均匀地分摊到预计使用年限的每一期。例如，如果一个固定资产的原值为104263万元，预计使用年限为20年，残值率为30%，则每年的折旧费用为（104263-3000）/20=5063.15万元。
建议
在实际操作中，建议详细查阅投资协议中的相关条款，了解政府出资部分在折旧处理上的具体规定。如果协议中没有明确说明，可能需要咨询专业的财务顾问或税务专家，以确保合规性和准确性。