总监理工程师的业务流程主要包括以下几个阶段：
施工准备阶段
熟悉设计文件：总监理工程师应组织监理人员熟悉设计文件，并对图纸中存在的问题通过建设单位向设计单位提出书面意见和建议。
参加设计技术交底会：项目监理人员应参加由建设单位组织的设计技术交底会，总监理工程师需对会议纪要进行签认。
审查施工组织设计：工程项目开工前，总监理工程师应组织专业监理工程师审查承包单位报送的施工组织设计（方案）报审表，并提出审查意见，经总监理工程师审核签认后报建设单位。
审查质量管理体系：总监理工程师应审查承包单位现场项目管理机构的质量管理体系、技术管理体系和质量保证体系，确保其能保证工程项目施工质量。
检查测量放线控制成果：专业监理工程师应按要求对承包单位报送的测量放线控制成果及保护措施进行检查，符合要求后，对施工测量进行签认。
施工阶段
过程监督：监理工程师对每道工序的操作及质量进行巡视、旁站、检测等监理工作，施工单位必须在每道工序操作前进行施工技术交底，并在每道工序完成后进行质量自检、互检，并进行报验。
隐蔽工程验收：隐蔽工程完成后，施工单位应在认真自检合格的基础上，提前12小时书面通知项目监理部，并将隐蔽自检资料送交监理工程师审验。
质量事故处理：现场出现质量事故后，施工单位应及时报告监理工程师，并严格按照共同商定的方案进行处理，任何质量缺陷不得瞒着监理工程师自行处理。
进度和成本控制：在施工过程中，总监理工程师还需负责监督工程进度和成本管控，确保工程按计划进行。
竣工验收阶段
参与验收：总监理工程师应参加由建设单位组织的竣工验收会议，对工程质量进行最终验收。
签发工程移交证书和保修责任终止证书：在工程竣工验收合格后，总监理工程师应签发工程移交证书和工程保修责任终止证书。
保修阶段
资料管理和监理总结：在保修阶段，项目监理部需进行资料管理和监理总结，确保所有工程档案资料完整归档。
其他事项
合同管理：总监理工程师需管理建设工程合同，协调建设单位与工程建设有关各方的关系。
监理总结和资料归档：项目监理部在工程完成后需进行监理总结和资料归档，确保所有工作有案可查。
以上是总监理工程师在工程项目中的主要业务流程，每个阶段都需要严格按照相关规范和标准执行，以确保工程质量和安全。