监理工程师结论的签署应当遵循以下步骤和原则：
项目完成后的全面检查和评估
监理工程师在工程项目完成后，应进行全面的检查和评估，确保工程项目符合法律法规和相关标准规定。
合格结论的签署
如果工程项目符合要求，监理工程师应签署合格结论，并向业主和建设单位发出监理报告。在签署合格结论前，应与建设单位的工作人员进行沟通，了解最新的项目情况，确保签署的意见符合双方的要求。
存在问题的处理
如果工程项目存在问题，监理工程师应提出合理的改进措施，并要求建设单位进行整改。在整改完成后，应重新进行验收，并在监理报告中详细说明工程项目的质量状况和存在的问题，并提出具体的建议和意见。
不合格结论的签署
如果工程项目不符合要求，监理工程师应签署不合格结论，并要求施工单位进行整改。在整改合格后再进行验收，并重新签署合格结论。
整改与复查
对于需要整改的问题，监理工程师应发出整改通知单，并要求施工单位在整改完成后进行复查。在确认问题已整改到位后，再进行验收并签署合格结论。
签署意见的注意事项
在签署监理工程师结论时，应注明签署者姓名、职称、签署日期等信息，以确保签署的意见真实有效。同时，应避免使用过于笼统的表述，如“符合设计要求”或“符合规范要求”，而应具体说明工程项目的实际情况和存在的问题。
综上所述，监理工程师在签署结论时，应确保结论的准确性和完整性，并与相关方进行充分沟通，以确保工程项目的质量和合规性。