监理工程师变更的麻烦程度主要取决于多个因素，包括变更的原因、所需材料的完整性、审核过程的复杂性以及涉及的相关方的协调等。以下是一些具体的变更流程及其潜在耗时：
提出变更申请
申请人需要填写变更申请书，详细说明变更原因和新总监理工程师的人选，并提供相关证明文件，如执业资格证等。这一步的复杂程度因具体情况而异，但需要花费一定的时间和精力。
审核过程
审核过程涉及多个方面，包括原总监理工程师是否存在违规问题、新总监理工程师是否具有执业资格、申请人是否具备申请资质等。这一步需要花费更长的时间，并且需要多方面协调和配合。
获得批准
批准过程主要涉及申请人和相关部门之间的沟通和协商，需要把握好时机和方法。虽然批准时间相对较短，但仍需考虑多维度的因素。
变更注册手续
监理工程师变更注册时手续繁琐，一般需要1~2个月的时间，包括申报、材料上交、审核、报表注册等流程。有些情况下可能需要来回跑多次才能完成，因此整体耗时较长。
专业变更难度
如果监理工程师需要变更专业，根据《建筑法》规定，必须重新学习相关专业知识并通过考试取得新专业的中高级职称或相应学历，才有可能取得新的建筑监理工程师执业资格证书。这一过程难度较大，且成本较高。
建议
提前规划：如果预计需要变更监理工程师，建议提前了解相关流程和所需材料，以便有足够的时间进行准备。
选择合适的时间：尽量避免在项目关键阶段进行变更，以免影响项目进度。
充分沟通：在申请变更过程中，与相关方保持充分沟通，确保所有材料和信息准确无误，以减少审核过程中的延误。
综上所述，监理工程师变更过程确实存在一定的麻烦，需要申请人投入足够的时间和精力，并且需要经过严格的审核和批准程序。因此，建议提前规划并充分准备，以确保变更过程顺利进行。