监理工程师计量土方的方法如下：
平均断面积法
土方体积可采用平均断面积法计算。
如果与似棱体公式计算结果误差超过±5%，监理人可指示采用似棱体公式。
图纸所示界线
各种不同类别的挖方与填方计量，应以图纸所示界线为限，并在批准的横断面图上标明。
压实后的纵断面高程和路床面
用于填方的土方量，应以压实后的纵断面高程和路床面为准来计量。承包人报价时，应考虑在挖方或运输过程中引起的体积差。
提交监理人批准的文件
在现场钉桩后56天内，承包人应将设计和进场复测的土方横断面图连同土方的面积与体积计算表一并提交监理人批准。
这些方法确保了土方计量的准确性和公正性，同时也考虑了实际施工过程中可能出现的各种情况。监理工程师在计量土方时，应严格按照上述方法进行，并在必要时进行调整和确认。