监理工程师证书通常由 公司保管，这是行业内的常规做法。证书作为公司的资质证明，有助于确保项目顺利进行，并且个人需要向公司申请使用该证书。此外，监理工程师在获得执业资格后，需要将证书注册到相应的工程监理企业，持证上岗，实行人证合一，以监理工程师的身份从事建设工程监理工作。
尽管存在关于证书挂靠的风险和讨论，但根据相关法律法规，证书挂靠行为是不被认可的。挂靠行为可能导致证书被随意使用，甚至可能引发安全事故，对个人和企业都有严重的法律后果。因此，建议监理工程师在考虑将证书放在公司时，务必确保遵守相关法律法规，并与公司明确工作职责、薪资待遇、工作时间、保险等具体细节，以保障自身权益。