消防工程师证书的发证机关如下：
国家层面
由中华人民共和国人力资源和社会保障部、公安部消防局共同颁发。
省级层面
各省级消防部门负责本行政区域内消防工程师的注册管理工作，并对在当地注册的消防工程师发放《消防工程师注册证书》。
具体颁发机构
应急管理部消防救援局负责一级注册消防工程师资格证书的颁发。
人力资源和社会保障部、公安部委托省、自治区、直辖市人力资源社会保障行政主管部门颁发《中华人民共和国注册消防工程师资格证书》。
建议
准备报考消防工程师的人员应当明确，证书由人力资源社会保障部和公安部共同颁发，且具体颁发工作会委托给各省、自治区、直辖市的人力资源和社会保障行政主管部门。因此，在报名和考试过程中，应当关注所在省份的具体通知和流程，以确保顺利获取证书。