如果二级建造师的注册单位不配合注销注册，可以采取以下步骤和措施：
向劳动仲裁部门或法院申诉解除劳动关系
若原聘用单位不配合出具解聘或离职证明，二级建造师可以向劳动仲裁部门或法院申诉，以维护自身权益。维权部门将出具解除劳动关系的证明材料。
申请强制注销
在与原聘用企业解除劳动关系后，若企业仍不予配合办理建造师相关手续，二级建造师可以向省级建设主管部门申请强制注销注册证书和执业印章。强制注销后，不影响二级建造师已注册人员的信息显示。
提交申请报告和相关证明材料
申请人在申请强制注销时，需要提交申请报告（注明注册经历，与企业纠纷情况，报告落款处本人亲笔签字按手印）和解除劳动关系的有效证明材料原件和复印件，到省注册中心注册科进行申诉。
通过系统申请注销
二建造师还可以通过原单位或企业通过系统直接报注销，或者直接向省级部门申请注销。
向当地住房和城乡建设部门反映情况
如果原单位不予配合办理注销手续，二级建造师可以向当地住房和城乡建设部门反映情况，请求协助解决。
注意注销后果
需要注意的是，强制注销注册不需要考试，但注销证书后需要重新考取证书。
通过以上步骤，二级建造师可以采取合法途径解决注册单位不配合注销的问题，并顺利完成注销手续。建议尽快采取行动，以免影响个人职业生涯。