网络安全工程师的鉴定机构主要有以下两个：
工业和信息化部教育与考试中心：
该中心始建于1993年，由原电子部教育中心、电子行业职业技能鉴定指导中心和原邮电部通信行业职业技能鉴定指导中心3个单位先后合并组建。它是工业和信息化部直属的事业单位，负责工业和信息化的职业技能鉴定工作，包括网络信息安全工程师职业技术证书的颁发。
国际信息系统安全认证机构（ISC）²：
该机构成立于1989年中期，总部设在北美，是一个独立的、非盈利性的组织。它负责管理信息安全专业认证人员，并推广CISSP（Certification for Information System Security Professional）认证考试。CISSP是信息安全领域内最权威、专业、系统的认证之一。
建议选择其中一个机构进行认证，具体选择哪个机构可以根据个人的职业发展规划和需求来决定。