在中国，消防工程师的资格认证主要由以下单位负责：
人社部（人力资源和社会保障部）：
负责制定注册消防工程师制度的暂行规定，并对考试进行宏观管理。
公安部消防局：
在消防工程师的资质认定过程中，负责对考试合格的人员进行审核、认定，确保其具备相应的专业能力和职业道德。
中国消防协会：
负责全国消防工程师的资格认证和注册管理工作，包括发放《中华人民共和国注册消防工程师资格证书》。
各省级消防部门：
负责本行政区域内消防工程师的注册管理工作，并对在当地注册的消防工程师发放《消防工程师注册证书》。
综上所述，消防工程师的资格认证涉及多个单位，其中国家层面由中国消防协会和人社部负责，地方层面由各省级消防部门负责。建议您在考取和注册消防工程师证书时，明确各个机构的职责，以确保流程的顺利进行。