监理工程师在竣工结算支付过程中的主要职责和流程如下：
审核竣工结算款支付申请
承包人需要提交竣工结算款支付申请，该申请应包括以下内容：
竣工结算合同价款总额
累计已实际支付的合同价款
应预留的质量保证金
实际应支付的竣工结算款金额。
审查与核实
监理工程师在收到承包人提交的竣工结算款支付申请后，应在14天内完成核查，并向发包人签发竣工结算支付证书。
监理工程师在审查过程中，需要仔细核实承包人提交的工程进度款申请，确保其符合合同约定，并对申请中的工程量、单价、总价等进行仔细核算。
签发支付证书
监理工程师在核实竣工结算款支付申请无误后，应向发包人签发竣工结算支付证书。该证书应列明应支付的金额。
支付结算款
发包人应在收到监理人签发的竣工结算支付证书后的14天内，按照证书列明的金额向承包人支付结算款。
如果发包人在收到竣工结算支付证书后的56天内仍未支付，承包人有权进行催告，并要求支付利息。若协商折价或依法拍卖仍未支付，则需按照合同约定处理。
相关法规与风险防范
监理工程师在支付与结算过程中，应严格遵守《建设工程工程量清单计价规范》GB 50500-2013等相关法规，确保工程款项支付的合法性和准确性。
监理工程师还需注意风险防范，例如对承包人提交的竣工结算文件进行严格审核，确保其真实性和完整性，防止因结算问题导致的法律纠纷。
总结：
监理工程师在竣工结算支付过程中的主要职责包括审核竣工结算款支付申请、审查与核实申请材料、签发支付证书以及监督结算款的支付。整个流程应严格按照合同约定和相关法规进行，以确保工程款项支付的合法性和准确性。